La Secretaría Técnica de la Comisión es competente para sustanciar los análisis de concentración que notifican los agentes económicos; emitir opiniones sobre bases de licitaciones, concesiones o permisos y de los participantes en éstas; opinar y recomendar acciones promotoras de la competencia respecto a programas, políticas, disposiciones o actos normativos;  realizar estudios económicos sobre las condiciones de competencia en los mercados; llevar los procedimientos seguidos en forma de juicio en los casos de prácticas monopólicas y concentraciones ilícitas, así como la segunda etapa de los procedimientos para determinar barreras a la competencia, insumos esenciales o la existencia de condiciones de competencia efectiva en los mercados. También es responsable de dar fe de las votaciones, levantar actas y elaborar las versiones estenográficas de las sesiones del Pleno.

De esta unidad dependen las direcciones generales de Concentraciones, Asuntos Jurídicos y Estudios de Mercado.